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Die Objektträger sind Glasplatten, auf denen Kieselalgenschalen in einem Medium fixiert sind. Sie ermöglichen die direkte Begutachtung der erhaltenen Organismen und stellen somit einen wichtigen Teil der Sammlung dar.
In Friedrich Meisters Sammlung tragen die Objektträger normalerweise zwei Etiketten. Auf diesen sind die Kennzeichnung, Information zum Sammelereignis und/oder Taxonname vermerkt. Die Kennzeichnung besteht aus einer 6- oder 7-stelligen Nummer (Beispiele: 908104 / 1712032). Die erste (6-stellig) resp. zwei ersten (7-stellig) Ziffern geben das Jahr an, in dem der Objektträger erstellt wurde (908104 → Jahr 1909 / 1712032 → Jahr 1917). Die folgenden zwei Ziffern repräsentieren den Monat der Erstellung (908104 → Monat August / 1712032 → Monat Dezember). Die letzten drei Ziffern stehen für eine Laufnummer, die eine eindeutige Identifikation ermöglicht (908104 → Laufnummer 104 / 1712032 → Laufnummer 32). Obwohl die Laufnummern grundsätzlich aufsteigend sind, sind sie nicht immer fortlaufend und weisen oft Lücken auf. Daher kann nicht ohne Weiteres angenommen werden, dass 908104 tatsächlich der 104te Objektträger ist, der Friedrich Meister im August 1909 erstellt hat.
Im Zuge der Digitalisierung wurden die Objektträger mit einem Barcode (eigentlich ein QR-Code) versehen, der im Format ZT-DIATOM-[8-stellige Nummer] vorliegt (z.B. ZT-DIATOM-00003679).