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Das Fungarium der Herbarien Z+ZT umfasst etwa eine Million Pilze und pilzartige Organismen. Zu letzteren zählen die „Schleimpilze“ und die „Falschen Mehltaupilze“, die stammesgeschichtlich keine Pilzen sind, aber traditionell von der Mykologie bearbeitet werden.
Alle Pilzgruppen sind gut vertreten, Sammlungsschwerpunkte sind jedoch bestimmte Gruppen der Basidiomyzeten (Rostpilze, südhemisphärische Vertreter der Blätterpilze und Röhrlinge), Ascomyzeten, und, in jüngster Zeit, die Glomeromycota.
Eduard Fischer (1861-1939) (ex BERN): Fungi, vor allem Schweiz; Ernst Gäumann (1893-1963): Fungi, besonders Rostpilze, vor allem Schweiz und Europa; Emil Müller (1920-2008): Ascomyzeten, vor allem Schweiz und Europa; Egon Horak (1937- ): Blätterpilze und Röhrlinge, vor allem Südhemisphäre, arktisch-alpine Pilze; Ernst Stizenberger (1827-1895): Flechten, u. a. aus Südafrika.
Kurator Pilze: Reinhard Berndt